Az 1990-es években Európa keleti felén - Magyarországon is - új szereplővel bővültek az intézményfönntartók. Megjelent az egyházi fönntartású felsőoktatás. Ennek egyik hajtóereje az egyházak megújult társadalmi szerepvállalása, a másik hajtóerő pedig a felsőoktatás expanziója.
Az egyházi felsőoktatás sajátos szerepet tölt be az értelmiség formálásában Magyarországon (ahogy másutt is). Az egyházak ugyanis elsősorban a humán szférában tudnak és akarnak értelmiséget képezni (teológus, bölcsész, jogász, tanár stb.). A felsőfokú szakképzésben pedig főként a pedagógus képzésre összpontosítanak. Ennek eredményeképpen mindenekelőtt azoknak az értelmiségieknek a csoportját növelik, akik a társadalmi szerkezetben sajátos alcsoportot, az egyházi (vallásos) értékorientált értelmiséget alkotják.
Nem rendelkezünk még olyan vizsgálatokkal, amelyek ennek az értelmiségnek a társadalmi-családi hátterét tárták volna föl. A párhuzamos hasonló vizsgálatok (újabban itthon főként Pusztai Gabrielláé) azt mutatják, hogy az egyházi oktatási intézménybe járó fiatalok sajátos kapcsolati tőkével rendelkeznek, s ez a kapcsolati tőke többé-kevésbé képes kiegyenlíteni azokat a hiányokat, amelyek kulturális tőkéjükben mutatkoznak. Az egyházi intézmények ilyenformán - sajátos értékorientációjuk, levegőjük folytán - hatékonyan járulnak hozzá a társadalmi egyenlőtlenségek iskolai fölszámolásához.
Az értékorientált képzés (oktatás, nevelés stb.) azonban súlyos dilemmákat is hordoz. Az egyik dilemma az, hogy mennyiben különbözik szerkezetében és működésében az egyházi felsőoktatás (és annak értékközvetítő szerepe) a Kádár-rendszer - és más totális rendszerek - indoktrinációjától. Igaz-e, hogy csupán a közvetített értékek mások, de maga az értékközvetítés ugyanolyan mechanizmusokkal történik?
A másik dilemma az, hogy egy értékközvetítő oktatási intézmény - esetünkben az egyházi felsőoktatás - hogyan képes egyúttal garantálni a hallgatók szabad értékválasztását (ami szintén sajátos európai hagyomány, méghozzá a felvilágosodás és a XIX. sz-i szabadelvűség korából). Lehet és szabad-e föláldoznunk az egyén szabadságát a vallásos értékek oltárán (amelyeket az egyházak a dolgok természete szerint képviselnek és terjesztenek)?
A harmadik dilemma a fönntartó értékkötöttsége és a felsőoktatás autonómiája között áll fenn. Ha természetesnek tartjuk a fönntartó jogát arra, hogy intézményét a vallásos értékek közvetítésének szolgálatába állítsa (misszió, diakónia), akkor egyben le kell mondanunk az egyházi felsőoktatás autonómiájáról (következésképp tehát az ilyen intézmény nem teljes jogú tagja a felsőoktatás hálózatának). Ha viszont arra törekszik az intézmény, hogy megtartsa az autonómiáját, akkor a fönntartó missziója sérülhet.
E dilemmák föloldása - a köztük történő helyes választás - mindenképp hozzájárulhat ahhoz, hogy az egyházi intézményrendszer betölthesse szerepét, elfoglalhassa helyét a magyarországi felsőoktatásban.